Periode ketiga Pondok Pesantren Langitan diasuh oleh putra menantu KH.Ahmad Sholeh, yaitu KH. Muhammad Khozin, putra KH. Shihabuddin Rengel Tuban.

Selain mengaji di Pondok Pesantren Langitan, beliau juga pernah menimba ilmu di Pesantren Kademangan di bawah asuhan KH.Mohammad Kholil Bangkalan, selama dua tahun. Pada tahun 1894 M, beliau dijodohkan dengan putri KH.Ahmad Sholeh, Ning Shofiyah dan sejak itu beliau mulai aktif mengajar hingga menerima tugas mulia memimpin dan mengasuh pesantren sepeninggal ayah mertuanya pada tahun 1320 H./1902 M.

Waktu pun bergulir, selang beberapa tahun kemudian tepatnya pada tahun 1904 M. beliau berkesempatan menunaikan ibadah haji di Makkah Al Mukarramah. Kesempatan emas ini dimanfaatkan oleh beliau untuk mengaji (tabarrukan) iepada Syeh Makhfudz At Termasi dan beberapa masyayekh lain di Masjid Al Haram.

Dalam periode ini, sekembali beliau dari menunaikan ibadah haji terjadi banjir yang cukup dahsyat, lokasi Pondok Pesantren Langitan digenangi air Bengawan Solo dan terancam erosi cukup berat. Sehingga dengan terpaksa beliau memindahkan bangunan-bangunan pondok yang semula berada di tepi Bengawan Solo ke arah utara. Upaya ini juga dibarengi dengan perluasan areal pondok dan perbaikan sarana dan fasilitas pemukiman santri yang rusak aiibat banjir. Pondok yang berhasil dibangun pada saat itu adalah sebanyak empat unit yang terdiri dari Pondok Kidul yang sekarang disebut dengan Pondok Al Ghozali, Pondok Lor yang terkenal dengan nama Pondok Al Maliki, Pondok Kulon atau yang saat ini lebih populer dengan nama Pondok As Syafii dan Pondok Wetan yang sekarang lebih dikenal dengan sebutan Pondok Al Hanafi.

KH. Khozin mengasuh dan mengembangkan pesantren ini selama kurang lebih sembilan belas tahun (1902-1921 M.), beliau wafat pada tahun 1340 H./1921 M. dimakamkan di Pemakaman Umum Desa Mandungan Kecamatan Widang Kabupaten Tuban.